火红版本中可捕捉口袋妖怪的区域分布广泛且具有层次性，从初始城镇到特殊岛屿均设计了符合环境特征的栖息地。真新镇作为起点仅提供基础教学战斗，而1号道路至常磐森林则成为玩家首次接触野生宝可梦的区域，包括波波、小拉达等常见物种。常磐森林因树木遮蔽光线形成独特生态，皮卡丘等稀有宝可梦在此出现概率较低但确实存在。尼比市周边的月见山因洞穴环境孕育出超音蝠与皮皮两种截然不同的种群，岩石系宝可梦则集中分布于山体内部区域。
关都地区中部水域与岛屿构成第二层级的捕捉区域。枯叶市码头可通过船票前往七之岛，其中一岛火山顶部的火焰鸟需在完成红宝石任务后触发战斗。无人发电厂作为封闭工业场景，内部机械设施成为电系宝可梦的聚集地，闪电鸟在最深处需击败特定训练家才会现身。双子岛通过推石解谜改变水流走向后，急冻鸟会在瀑布封锁的洞穴深处出现，该区域同时存在大量冰水系混合种群。华蓝洞窟的超梦则需要先取得全国图鉴并解决岩石封锁问题。
特殊功能区域如野生原野区具有独立规则体系。浅红市花费500元进入后，玩家需在600步限制内使用专用原野球捕捉，迷你龙等稀有物种仅能通过超级钓竿在特定水域获取。狩猎区地形分为草原、水域、岩石三种生态区，对应不同属性的宝可梦分布，而金假牙道具的获取与劲力秘传技解锁直接相关。紫苑镇宝可梦塔作为幽灵系主要栖息地，需要先取得幽灵侦测镜才能识别并接触漂浮型宝可梦。
后期解锁的七岛区域包含更复杂的捕捉机制。诞生之岛通过三角形解谜触发代欧奇希斯遭遇战，其形态变化与移动路径选择相关。三岛森林的雪拉比需要完成特定剧情线才会在树丛中显现，而四岛冻瀑洞穴的雷吉艾斯则与古代文字机关存在互动逻辑。这些特殊区域的宝可梦往往具有唯一性，捕获失败后需重新满足条件才能再次触发战斗。
常规道路的宝可梦分布遵循属性与环境适配原则。岩山隧道因黑暗环境需要闪光技能照明，期间遇到的钢系与地面系宝可梦等级显著高于前期路线。彩虹市游戏厅地下基地的火箭队占领区域，黑暗鸦与超音蝠的组合具有战术配合特征。8号道路的草丛区虽然物种普通，但进化链完整的宝可梦在此出现频率较高，适合用于图鉴收集。
游戏内所有可捕捉区域均存在明暗两种进入方式。华蓝洞窟可通过冲浪与攀瀑技能到达隐藏层面，而发电厂后门需要从11号道路使用居合斩开辟路径。这种设计使得相同地理坐标可能包含多层捕捉空间，例如双子岛表层水域与地下冰窟就分别对应不同等级的宝可梦群落。玩家需合理搭配秘传技队伍才能完全探索所有潜在栖息地。
