丰缘地区二周目的核心挑战在于对战开拓区的全面解锁与全国图鉴的开启。完成一周目后，主角会获得船票并触发博士的剧情，将图鉴升级为全国模式，这意味着可以捕捉和交换更多种类的宝可梦。对战开拓区包含多个设施，每个设施都有独特的对战规则，例如双打、多人组队等，需要根据对手阵容灵活调整战术。优先完成对战塔的挑战是获取对战点数的关键，这些点数可用于兑换稀有道具或技能机。
二周目的资源获取效率显著提升，尤其是通过重复挑战四天王或参与对战设施。水静市的码头是前往对战开拓区的起点，与亚希达对话可获得第二张船票。烈空坐所天空之柱在二周目会开放更高难度的挑战，建议携带具备飞行或攀瀑能力的宝可梦。隐藏道具如金色珠子和星星碎片的分布位置与一周目不同，需重新探索山洞和遗迹区域。
道馆馆主和四天王的阵容在二周目会大幅强化，部分馆主甚至使用准神兽级别的宝可梦。例如橙华市的千里会派出高等级的请假王，其特性与技能组合需要针对性应对。建议提前准备克制一般属性的格斗系宝可梦，并注意状态技能的干扰。琉璃市的觉醒神殿在二周目新增了传说宝可梦的触发条件，需携带特定道具才能遭遇。
支线任务的复杂度明显增加，例如古辰遗迹需要多次与熔岩队交锋才能解锁古空棘鱼的捕捉。武斗镇的化石任务需在石之洞窟深处选择不同路径获取根状或爪子化石，后续可复活为太古盔甲或摇篮百合。凯那市的巨大入侵者任务涉及多阶段调查，最终奖励为吼鲸王的专属道具。这些任务不仅提供属性加成道具，也是完成图鉴的重要途径。
队伍构建方面，建议以70级以上的准神兽为核心，搭配特性互补的辅助型宝可梦。巨金怪、暴飞龙等丰缘地区准神兽在二周目能发挥更大作用，尤其是掌握群体攻击技能的个体。注意培养宝可梦的努力值分配，针对不同对战设施的特点进行专项训练。通信交换获得的关都或城都地区宝可梦，如火暴兽或班吉拉斯，能有效弥补属性短板。
最终挑战聚焦于对战巨蛋和工厂，这两个设施分别考验预判能力和临时组队策略。巨蛋允许查看对手阵容后再部署宝可梦，而工厂则需从随机提供的六只宝可梦中选择三只作战。战胜所有设施首领后，将解锁隐藏剧情并获得象征成就的银徽章。整个二周目流程约需15-20小时，合理规划探索顺序能显著提升效率。
