通关一周目后，读取存档即可进入二周目，初始位置在自家门前。大木博士会主动出现，若图鉴收集超过60种，他会将图鉴升级为全国图鉴模式。随后需前往精灵联盟挑战四天王，但冰系天王科拿已外出旅游，暂时无法挑战。接下来需前往一岛，在精灵中心与NPC对话得知修复机器需要红宝石。前往灯火山右侧洞穴，击败两名火箭队成员并获取红宝石，将其交给NPC后可获得彩虹通行证，解锁七岛之间的通行权限。
从枯叶市乘船抵达一岛后，向右冲浪可到达光辉之路，进入洞穴可习得HM06碎岩术。继续前进至灯火山山顶洞穴，推开岩石可遭遇火焰鸟。下山后向右走击败火箭队成员，进入洞穴深处取得红宝石。返回网络中心交付红宝石后，NPC会要求寻找蓝宝石，并给予七岛船票。乘船前往四岛，科拿的家位于此处，进入右侧冰洞需利用两次踩踏破碎的冰层取得HM07攀瀑术，随后登上瀑布深处协助科拿击败火箭队成员，得知五岛存在火箭队基地。
五岛的火箭队仓库需密码才能进入，从五岛向上冲浪至小岛可领取怪兽蛋。继续向右进入不归洞穴，深处需护送一名女孩回家并获得道具奖励。六岛的标记森林可捕捉多种虫系宝可梦，穿过森林后进入洞穴需使用居合斩开门，按顺序掉落至底层取得蓝宝石，但会被NPC抢走并留下火箭队仓库密码。返回五岛输入密码进入仓库，击败NPC夺回蓝宝石，再回到一岛网络中心完成设备升级，解锁与宝石版的通信功能。
