穿越隧道是游戏进程中的重要环节，尤其是岩山隧道和冠军之路等复杂地形。掌握正确的技巧和准备合适的精灵技能是顺利关键。
岩山隧道位于华蓝市右侧，是通往紫苑镇的必经之路。进入隧道前需确保队伍中有精灵掌握闪光技能，该技能可通过在尼比市上方研究所获得，前提是已收集10种不同宝可梦。隧道内部光线昏暗，使用闪光可照亮环境并降低野生宝可梦出现概率。隧道结构呈网格状，需注意避开训练师战斗以节省资源，同时利用推石机制解开路径障碍。部分区域需使用怪力技能移动石块，建议提前让精灵学习该技能。
冠军之路的复杂程度更高，位于石英高原入口处，需要集齐8枚徽章方可进入。该隧道采用多层迷宫设计，包含大量单向通道和推石谜题。建议优先击败沿途训练师获取经验值，同时携带足够数量的PP恢复道具。关键路径需按特定顺序推动岩石：先将左侧岩石向上推至凹槽，再绕至上层将另一块岩石向左推进对应位置。隧道内野生宝可梦等级较高，推荐队伍平均等级达到45级以上。
双子岛作为后期重要地点，其洞穴系统需要特殊技巧穿越。急冻鸟所在区域需通过水流控制机制，利用冲浪技能在B2层调整水流方向。具体操作为：先击碎东南角的岩石，再使用怪力将西北方石块推入水中改变流向。洞穴内冰面区域存在滑动惯性，需精确计算移动轨迹。建议携带会使用挖洞技能的宝可梦，以便快速脱离复杂地形。
常备解毒药、解麻药等状态恢复道具，推荐携带会使用瞬间移动技能的宝可梦应对紧急情况。闪光技能除照明外还能降低30%野生遭遇率，该效果持续至离开当前区域。对于需要重复穿越的隧道，可在地面标记关键转折点以提升导航效率。部分隐藏道具如金珠和进化石通常分布在隧道边缘死角，建议系统性地搜索每个角落。
通过GBA无线适配器与其他玩家交换拥有穿洞绳的宝可梦，能直接返回最近访问的宝可梦中心。联机对战获取的BP点数可兑换技能机，如TM70闪光和TM04怪力。二周目开启后，与宝石版本联机能获得丰缘地区的宝可梦，这些宝可梦往往具备更适应隧道环境的技能组合。全国图鉴模式下，部分宝可梦的栖息地信息会标注在隧道区域。
隧道探索的终极目标是实现效率与收益平衡。合理分配技能机使用次数，非必要情况下避免与低级训练师交战。游戏内时钟系统会影响某些宝可梦的出现概率，如午夜时段超音蝠出现率提升15%。利用存档功能在关键决策点前保存进度，可减少因路径错误导致的时间损耗。完成隧道穿越后，建议立即前往宝可梦中心恢复状态，为后续剧情挑战做好准备。
